Что такое файл Protein Data Bank (PDB)? Как открыть его в Windows?

Файлы Protein Data Bank (PDB) представляют собой трехмерные молекулярные файлы, в которых хранятся молекулярные структуры. Теперь, если вам интересно, как открыть такие файлы на ПК, этот пост вас заинтересует. Здесь мы подробно обсудим файлы PDB и способы просмотра таких файлов в Windows 11/10. Итак, без лишних слов, давайте проверим!

Что такое файл Protein Data Bank (PDB)?

Protein Data Bank (PDB) — это база данных трехмерных структурных данных белков, нуклеиновых кислот и других крупных молекул. Файл с расширением pdb в основном представляет собой файл, содержащий данные, относящиеся к структуре трехмерной биологической молекулы. Данные включают координаты атомов, структуры атомов, связность атомов, структуру белков, структуру нуклеиновых кислот и многое другое. Он также содержит экспериментальные метаданные.

Этот формат файла широко используется в биоинформатике для обмена координатами белка. Он содержит тысячи строк, описывающих структуру белка. Теперь, если вы хотите читать или просматривать файлы PDB на ПК с Windows, вам нужно использовать специальный сторонний инструмент, поскольку для этого нет собственного приложения. В этом посте мы обсудим различные способы просмотра файла PDB в Windows 11/10.

Как просмотреть файл Protein Data Bank (PDB) в Windows 11?

Существует два способа просмотра файла Protein Data Bank (PDB) в Windows 11/10, а именно:

1. Используйте бесплатное программное обеспечение для просмотра файлов PDB.
2. Попробуйте бесплатный онлайн-инструмент для чтения файлов PDB.

1]Используйте бесплатное программное обеспечение для просмотра файлов PDB.

Вы можете использовать стороннее программное обеспечение для Windows, которое позволяет открывать и просматривать файлы PDB. Для Windows доступно несколько бесплатных настольных приложений, которые вы можете попробовать. Вот несколько хороших, которые вы можете использовать:

• IQмоль
• Swiss-PdbViewer
• Кьюмол
• Молекель
• РасМол

А]ИКмоль

IQmol — это бесплатный молекулярный редактор и программное обеспечение для визуализации с открытым исходным кодом для Windows 11/10. Используя его, вы можете просматривать PDB, а также различные другие файлы 3D-молекул, например, MOL, SMI, CUBE, XYZ и т. д. В этом программном обеспечении вы можете найти все важные инструменты визуализации молекул. Эти инструменты варьируются от базовых до продвинутых. Помимо просмотра файла PDB, вы также можете редактировать молекулярную структуру.

Он позволяет одновременно открывать несколько файлов PDB и просматривать их все одновременно. На панели Model View вы можете включить или отключить визуализацию одного или нескольких файлов PDB.

Основные характеристики IQmol:

Возможности этого бесплатного средства просмотра файлов PDB с открытым исходным кодом, на которые вы можете обратить внимание:

• Вы можете найти все стандартные инструменты просмотра файлов, включая увеличение/уменьшение масштаба (с помощью колесика мыши), панорамирование, вращение, полноэкранный режим, сброс режима просмотра, отображение осей и т. д.
• Он позволяет настраивать внешний вид модели, редактируя такие параметры, как шейдер, окружающий свет, рассеянный свет, сила тумана, блики, интенсивность шума, параметры POV-Ray и т. д.
• Вы также можете добавить метки атомов, такие как масса атома, частичный заряд, ЯМР, спиновая плотность и т. д.
• Это позволяет вам настроить параметры камеры по своему вкусу. Вы можете настроить проекцию камеры, положение и т. д.
• В нем есть удобная функция Auto Rotation, которая позволяет автоматически вращать молекулярную модель.
• Вы можете сохранить текущее представление структуры белка в формате изображения, таком как PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS и т. д.
• Он также позволяет конвертировать PDB в другие файлы молекул с помощью функции «Сохранить как». Поддерживаемые выходные форматы: XYZ, MOL, MOL2, CML и т. д.
• Вы также можете использовать его функции расчета для вычисления энергия молекулярной структуры, силы, сканирование PES, переходное состояние, химические сдвиги, геометрия, энергия разложения, коррекция BSSE, и т.п.

Помимо функций просмотра, вы получаете специальное меню «Сборка» с набором функций построения молекул. Эти функции включают добавление новых атомов, вставку новых молекул, минимизацию структуры, установку изотопов и многое другое.

Это действительно хорошее программное обеспечение для молекулярного моделирования, с помощью которого вы можете визуализировать файлы Protein Data Bank на своем ПК. Если вам понравилось, скачайте отсюда.

См.: Chem4Word — надстройка по химии для Microsoft Word.

B]Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer — это специальная бесплатная программа для просмотра файлов PDB для Windows 11/10. Он позволяет визуализировать и анализировать несколько белковых структур одновременно. Вы можете анализировать структуру белка, структуру ДНК и т. д., содержащиеся в файле PDB. Помимо файла PDB, он также позволяет открывать и просматривать файлы MOL и MMCIF.

Когда вы открываете файл PDB, 3D-вид отображается в интерфейсе вместе с окном панели управления. Панель управления содержит общую информацию, список и заголовок файла. Вы можете легко перемещать структуру, вращать ее, увеличивать/уменьшать масштаб и т. д.

Он также позволяет отображать или скрывать поверхность точек, основу, водородные связи, векторы сил и многое другое в соответствии с вашими предпочтениями. Вы также можете выделить разные части разными цветовыми схемами, чтобы лучше проанализировать структуру. Кроме того, вы можете использовать такие функции отображения, как Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels и некоторые другие.

Помимо инструментов визуализации, вы также получаете множество функций молекулярного моделирования. Кроме того, в нем также присутствуют функции вычисления энергии, вычисления Н-связи, анализа домена, обнаружения домена, создания трехмерного мотива, построения кристаллографической симметрии и других инструментов.

Вы можете скачать его с его Официальный сайт.

Читайте: Лучшее бесплатное программное обеспечение для анализа питания для Windows 11/10.

C]КьюМол

Кьюмол — еще одна бесплатная программа для просмотра PDB для Windows 11/10. Это инструмент визуализации макромолекулярной структуры, с помощью которого вы можете просматривать файлы PDB. Другими файлами, которые вы можете открывать и просматривать в нем, являются DX, MAP, MTZ, CNS и т. д.

Он позволяет переключаться между перспективным и ортогональным режимами просмотра, вращать модель, увеличивать/уменьшать масштаб и т. д. Вы можете визуализировать модель с помощью POV-Ray и методов рендеринга анимации в ней. Визуализированная структура может быть сохранена в формате PNG. Также доступен инструмент измерения, который позволяет измерять расстояние, угол и кручение в модели.

Вы также можете найти некоторые дополнительные инструменты для дальнейшего анализа структуры белка. Эти инструменты включают молекулярную суперпозицию, резак поверхности Mol, создание поверхности Mol, редактор связей Mol, анализ взаимодействия, анимацию морфинга Mol и т. д.

Это хорошее программное обеспечение для визуализации и анализа структуры белка, присутствующей в файлах PDB.

См.: Что такое файл LIT? Как конвертировать LIT в EPUB или MOBI в Windows?

Д]Молекель

Следующее программное обеспечение для просмотра PDB в этом списке — Molekel. Это довольно старое, но мощное программное обеспечение для визуализации молекул, которое позволяет открывать и просматривать файлы PDB. Вы можете найти множество инструментов для визуализации и анализа молекул, которые позволяют анализировать структуры белков.

Он позволяет настраивать отображение молекул, атомов, связей, остатков и т. д. Вы можете выбрать различные типы отображения для каждого из них, такие как Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Линейная лента и т. д. Кроме того, вы можете настраивать свойства 3D-вида, отображать/скрывать ограничивающие рамки, использовать шейдеры и т. д. Он позволяет просматривать файл PDB, изменяя электронную плотность поверхности структуры и добавляя поверхность, доступную для растворителя, к структура.

Вы можете найти в нем функцию анимации, чтобы воспроизвести анимацию структуры молекулы. В нем также присутствует специальное меню «Анализ» с соответствующими инструментами. Используя инструменты анализа, вы можете определить данные сетки, плотность вращения, молекулярный электростатический потенциал, спектр излучения, расстояние, угол и многое другое для структуры.

Он также позволяет конвертировать файлы PDB в различные форматы файлов. Эти форматы включают PDF, PS, EPS и Image. Если вам понравилось, вы можете получить его здесь.

Читайте: Complete Anatomy App — достойная загрузка для Windows.

Е]Расмол

Вы также можете использовать RasMol для просмотра файлов PDB в Windows 11/10. Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом, позволяющее визуализировать и анализировать молекулярные структуры. Он также поддерживает открытие и просмотр других файлов, таких как MOL, XYZ, CIF, MOPAC и т. д.

Он позволяет просматривать структуру в виде каркаса, основы, стержней, лент, прядей и т. д. Вы также можете выделять разные части структуры разными цветами. Он также позволяет отображать или скрывать атомы водорода, гетероатомы, тени, метки и т. д. в соответствии с вашими предпочтениями. Вы также можете измерять расстояние, кручение, угол и другие значения в конструкции.

Это программное обеспечение доступно здесь.

См.: Лучшее бесплатное программное обеспечение для 3D-анатомии человека для Windows.

2]Попробуйте бесплатный онлайн-инструмент для чтения файлов PDB.

Вы также можете использовать бесплатный онлайн-инструмент для открытия и просмотра файлов PDB. Все, что вам нужно сделать, это открыть веб-сайт в веб-браузере и загрузить файл PDB для его просмотра. Вот несколько хороших бесплатных онлайн-просмотрщиков PDB, которые вы можете попробовать:

A]RCSB PDB

Вы можете использовать этот бесплатный онлайн-инструмент под названием RCSB PDB для визуализации файлов Protein Data Bank. Он позволяет импортировать файл PDB, а затем визуализировать и анализировать его молекулярную структуру.

Вы можете найти некоторые основные функции визуализации, такие как масштабирование, поворот, переключение расширенного просмотра портов, сброс камеры, переключение режима выбора и т. д. Он также позволяет настраивать некоторые параметры или параметры управления, такие как режим камеры (перспективный или орфографический), цвет фона, включение/выключение. отключить окклюзию, включить/отключить туман, отсечение, расположение и т. д.

Он поставляется с функцией анимации. Используя это, вы можете автоматически вращать структуру белка. При этом вы можете настроить скорость вращения и угол. Вы также получаете специальный инструмент измерения. Используя этот инструмент, вы можете узнать несколько значений, таких как расстояние, ориентация, угол и многое другое.

В дополнение к этим функциям в нем доступны еще несколько удобных инструментов: поиск мотива структуры, добавление компонентов, экспорт анимации, экспорт геометрии (STL, OBJ и т. д.) и экспорт модели.

В целом, это действительно хорошая бесплатная онлайн-просмотрщица PDB с отличным набором инструментов визуализации. Можешь попробовать здесь.

Б]Молсофт

Molsoft — еще один онлайн-инструмент, который можно использовать для визуализации структур PDB. Это простая программа для просмотра файлов PDB с базовыми функциями. Для начала откройте его Веб-сайт и нажмите на опцию трехполосного меню. После этого выберите параметр «Открыть», чтобы импортировать локально сохраненный файл PDB или загрузить файл с вашего Google Диска. Когда вы выберете файл, он покажет вам молекулярную структуру в средстве просмотра.

Вы можете использовать различные режимы просмотра для визуализации структуры. Эти режимы включают каркас, креатинфосфокиназу (CPK), мяч и стержень, ленту и т. д. Вы можете легко переключаться между этими режимами просмотра в соответствии с вашими требованиями. Кроме того, он позволяет включать или отключать метки атомов, метки остатков, водородные связи и сайты для лучшего понимания структуры.

Он также предоставляет инструменты измерения. В модели можно измерить расстояние, плоский угол и угол кручения. Кроме того, в нем доступна удобная функция Color by, позволяющая раскрашивать структуру по типу атома, цепи, выравниванию, вторичной структуре и т. д.

Это еще один хороший онлайн-просмотрщик файлов PDB, который вы можете попробовать бесплатно.

Как загрузить файл PDB из банка данных о белках?

Чтобы загрузить файл PDB из банка данных белков, вы можете посетить веб-сайт банка данных белков, ввести и выполнить поиск по названию белка или макромолекулы, например гемоглобина человека, хитиназы и т. д. После этого в результатах поиска выберите файл и используйте опцию загрузки, чтобы загрузить файл PDB. Так просто, как, что.

Как просмотреть структуры PDB?

Молекулярные структуры PDB можно просмотреть с помощью специального онлайн-инструмента или программного приложения. Вы можете попробовать бесплатное программное обеспечение, такое как IQmol, Swiss-PdbViewer и CueMol, для визуализации и анализа структур PDB на вашем ПК. Если вы предпочитаете использовать онлайн-инструмент, есть много вариантов. Например, попробуйте такие веб-сервисы, как RCSB PDB и Molsoft. Это бесплатные онлайн-просмотрщики файлов PDB, которые предоставляют расширенные инструменты визуализации и анализа молекул.

Как преобразовать файл PDB в PDF?

Чтобы преобразовать файл PDB в PDF, вы можете использовать это бесплатное настольное приложение под названием Molekel. Он предоставляет специальную опцию «Сохранить в PDF», которая позволяет конвертировать файл PDB в формат PDF. Вы можете открыть файл PDB, а затем нажать «Файл»> «Сохранить в PDF», чтобы преобразовать PDB в PDF. Мы подробно обсудили это программное обеспечение в этом посте, ознакомьтесь с ним выше.

Вот и все.